종합소득세 계산의 전체 구조｜사업소득·근로소득 합산부터 신고까지

 

개인사업자가 매출 1억원을 올렸다고 해서 1억원 전체에 종합소득세율을 적용하는 것은 아닙니다. 직장인이 연봉 7천만원을 받는 경우에도 7천만원에 곧바로 24% 등의 세율을 곱하지 않습니다.

종합소득세는 먼저 소득 종류별로 실제 과세대상이 되는 소득금액을 계산하고, 여기에서 각종 소득공제를 차감하여 과세표준을 만든 뒤 6%부터 45%까지의 누진세율을 적용합니다. 이후에도 세액공제·감면, 가산세, 이미 납부한 원천징수세액 등을 반영해야 최종 납부세액이 결정됩니다.

따라서 종합소득세를 이해할 때에는 ‘내 소득이 얼마인가’보다 어떤 단계를 거쳐 최종 세금이 계산되는가를 먼저 이해하는 것이 중요합니다.

이 글에서는 2026년 9월 현재의 「소득세법」을 기준으로 종합소득금액부터 최종 납부 또는 환급세액까지 전체 계산구조를 순서대로 살펴보겠습니다.

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핵심 결론 요약

구분핵심 내용

원칙	이자·배당·사업·근로·연금·기타소득을 기준에 따라 합산합니다.
소득공제	종합소득금액에서 인적공제·연금보험료공제 등을 차감합니다.
과세표준	종합소득금액에서 소득공제를 차감한 금액입니다.
세율	과세표준에 6~45%의 8단계 누진세율을 적용합니다.
세액공제	산출세액에서 자녀·연금계좌·특별세액공제 등을 차감합니다.
최종세액	세액공제·감면 후 가산세를 더하고 기납부세액을 차감합니다.
신고기한	원칙적으로 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지입니다.

국세청도 종합소득세 계산을 종합소득금액 → 소득공제 → 과세표준 → 산출세액 → 세액공제·감면 → 가산세 → 기납부세액 → 납부·환급세액의 순서로 안내하고 있습니다.

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1단계. 어떤 소득을 종합소득에 합산하는가

「소득세법」 제14조에 따른 종합소득에는 다음 여섯 가지 소득이 포함됩니다.

• 이자소득
• 배당소득
• 사업소득
• 근로소득
• 연금소득
• 기타소득

이들 소득을 각각 세법상 방식으로 계산한 뒤 합산한 금액이 종합소득금액입니다.

퇴직소득과 양도소득은 일반적인 종합소득에 합산하지 않고 별도의 과세체계로 계산합니다.

또한 이자·배당소득, 기타소득, 주택임대소득 등에는 일정 요건에서 분리과세가 적용되는 경우가 있으므로 단순히 모든 소득을 무조건 합산한다고 이해해서는 안 됩니다.

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2단계. 수입금액과 소득금액을 구분한다

특히 개인사업자가 가장 많이 혼동하는 부분입니다.

사업소득은 기본적으로 다음 구조로 계산합니다.

사업소득금액 = 총수입금액 - 필요경비

예를 들어 연간 매출이 1억원이고 사업과 관련하여 세법상 인정되는 필요경비가 6천만원이라면 사업소득금액은 4천만원입니다.

따라서 매출 1억원에 소득세율을 적용하는 것이 아니라 필요경비를 차감한 사업소득금액 4천만원이 종합소득 계산에 들어갑니다.

근로소득도 마찬가지입니다. 총급여액 전체가 그대로 종합소득금액이 되는 것이 아니라 세법에서 정한 근로소득공제를 거쳐 근로소득금액을 계산합니다.

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3단계. 여러 소득금액을 합산한다

직장을 다니면서 부업을 하는 사람을 예로 들어보겠습니다.

2026년 소득이 다음과 같다고 가정합니다.

• 근로소득금액: 4,000만원
• 사업소득금액: 2,000만원
• 종합과세 대상 기타소득금액: 500만원

이 경우 기본적인 종합소득금액은

4,000만원 + 2,000만원 + 500만원 = 6,500만원

입니다.

다만 실제 신고에서는 금융소득의 종합과세 여부, 분리과세 대상 소득, 결손금 공제 등 추가적인 판단이 필요할 수 있습니다.

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4단계. 종합소득금액에서 소득공제를 차감한다

종합소득금액이 계산됐다고 바로 세율을 적용하지 않습니다.

「소득세법」 제14조는 종합소득금액에서 기본공제, 추가공제, 연금보험료공제, 특별소득공제 등 법에서 정한 소득공제를 차감하여 종합소득과세표준을 계산하도록 하고 있습니다.

대표적인 기본공제는 본인과 요건을 충족한 배우자·부양가족에 대해 1명당 연 150만원입니다. 배우자와 부양가족은 소득 및 나이 등의 별도 요건을 충족해야 합니다.

구조는 다음과 같습니다.

종합소득과세표준
= 종합소득금액 - 종합소득공제

예를 들어 종합소득금액이 6,500만원이고 적용 가능한 소득공제가 1,000만원이면 과세표준은 5,500만원입니다.

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5단계. 과세표준에 종합소득세율을 적용한다

2026년 현재 종합소득세율은 6%부터 45%까지 8단계 초과누진세율입니다. 「소득세법」 제55조에서 규정하고 있습니다.

종합소득 과세표준세율누진공제액

1,400만원 이하	6%	-
1,400만원 초과~5,000만원	15%	126만원
5,000만원 초과~8,800만원	24%	576만원
8,800만원 초과~1억5천만원	35%	1,544만원
1억5천만원 초과~3억원	38%	1,994만원
3억원 초과~5억원	40%	2,594만원
5억원 초과~10억원	42%	3,594만원
10억원 초과	45%	6,594만원

실무에서는 다음 산식을 활용할 수 있습니다.

산출세액 = 과세표준 × 세율 - 누진공제액

예를 들어 과세표준이 5,500만원이라면

5,500만원 × 24% - 576만원

= 744만원

이 종합소득 산출세액입니다.

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24% 구간이라고 소득 전체에 24%가 붙는 것은 아니다

누진세율에서 특히 자주 발생하는 오해입니다.

과세표준 5,500만원인 사람이 24% 구간에 있다고 해서 5,500만원 전체를 처음부터 24%로 과세하는 구조가 아닙니다.

낮은 과세표준 구간에는 각각 6%, 15%가 먼저 적용되고 5천만원을 초과하는 부분에 24%가 적용됩니다. 누진공제 방식은 이 계산을 한 번에 할 수 있도록 만든 산식입니다.

따라서 최고세율 45% 구간에 있다고 해서 전체 소득의 45%가 소득세라는 의미도 아닙니다.

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6단계. 산출세액에서 세액공제와 감면을 차감한다

산출세액 역시 최종세금이 아닙니다.

산출세액에서 적용 가능한 세액공제와 세액감면을 차감합니다. 국세청은 대표적으로 자녀세액공제, 연금계좌세액공제, 특별세액공제, 기장세액공제, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 조세특례제한법상 세액감면 등을 안내하고 있습니다.

예를 들어 연금계좌세액공제는 현행 소득세법상 일정 한도 내 연금계좌 납입액에 공제율을 적용해 산출세액에서 직접 차감하는 방식입니다.

여기에서 소득공제와 세액공제를 구분해야 합니다.

구분소득공제세액공제

적용 단계	과세표준 계산 전	산출세액 계산 후
차감 대상	소득금액	세금
효과	세금을 계산할 소득 감소	계산된 세금 직접 감소
예시	기본공제	자녀·연금계좌 세액공제

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7단계. 가산세가 있으면 추가한다

신고·납부의무를 제대로 이행하지 않은 경우에는 가산세가 추가될 수 있습니다.

대표적으로 일반적인 무신고의 경우 무신고 납부세액의 20%, 일반 과소신고는 과소신고 납부세액의 10%​가 적용될 수 있으며, 부정행위가 있는 경우에는 더 높은 가산세율이 적용됩니다. 납부가 늦어지면 납부지연가산세도 별도로 계산합니다.

따라서 필요경비나 공제액을 잘못 계산해 세금을 적게 신고하면 본세뿐 아니라 가산세까지 발생할 수 있습니다.

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8단계. 이미 낸 세금을 차감한다

마지막 단계에서는 이미 납부한 세금을 차감합니다.

「소득세법」 제76조는 확정신고 시 다음과 같은 기납부세액을 공제하도록 규정합니다.

• 중간예납세액
• 수시부과세액
• 원천징수세액
• 일정한 납세조합 징수세액 등

 

따라서 최종 구조는 다음과 같습니다.

**최종 납부세액
= 산출세액

• 세액공제·감면

• 가산세

• 기납부세액**

기납부세액이 최종 계산세액보다 많으면 환급이 발생할 수 있습니다.

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사례 1. 개인사업자의 기본적인 종합소득세 계산

A씨의 2026년 자료를 단순화해 다음과 같이 가정하겠습니다.

• 사업 매출: 1억원
• 필요경비: 5,000만원
• 종합소득공제: 1,000만원
• 세액공제: 100만원
• 기납부세액: 150만원
• 가산세: 없음

① 사업소득금액

1억원 - 5,000만원
= 5,000만원

② 과세표준

5,000만원 - 1,000만원
= 4,000만원

③ 산출세액

4,000만원 × 15% - 126만원
= 474만원

④ 세액공제 적용

474만원 - 100만원
= 374만원

⑤ 기납부세액 차감

374만원 - 150만원
= 224만원

따라서 단순화한 사례에서 최종 추가 납부할 종합소득세는 224만원입니다.

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사례 2. 직장인이 부업소득도 있는 경우

B씨는 회사에서 근로소득이 있고 별도로 온라인 사업을 운영합니다.

근로소득금액이 4,500만원, 사업소득금액이 2,000만원이라면 원칙적으로 두 소득금액을 합산하여 종합소득세를 계산합니다.

직장에서 이미 연말정산을 했더라도 별도의 종합과세 대상 사업소득이 존재한다면 다음 해 종합소득세 신고에서 다시 합산해야 할 수 있습니다. 국세청도 근로소득 이외에 종합소득이 있는 경우 종합소득세 신고대상이 될 수 있음을 안내하고 있습니다.

따라서 “회사에서 연말정산했으니 모든 세금이 끝났다”고 판단해서는 안 됩니다.

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사례 3. 프리랜서가 3.3%를 이미 낸 경우

프리랜서가 용역대가를 지급받을 때 흔히 말하는 3.3% 원천징수가 이루어지는 경우가 있습니다.

이 금액은 일반적으로 소득세 3%와 개인지방소득세 0.3%를 미리 징수하는 구조이며, 3.3% 자체가 최종 종합소득세율이라는 의미는 아닙니다.

종합소득세 신고에서는 실제 사업소득금액과 각종 공제 등을 다시 계산한 뒤 소득세로 원천징수된 금액을 기납부세액으로 차감합니다. 원천징수대상 사업소득에 대한 원천징수의무는 「소득세법」 제127조에 근거합니다.

최종세액보다 원천징수된 세금이 많다면 환급될 수 있고, 반대라면 추가 납부하게 됩니다.

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신고는 언제 해야 할까

「소득세법」 제70조에 따라 해당 과세기간에 종합소득금액이 있는 거주자는 원칙적으로 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득 과세표준을 신고해야 합니다.

성실신고확인서 제출대상자는 국세청 안내 기준으로 다음 해 6월 30일까지 신고합니다. 신고기한이 토요일이나 공휴일이면 다음 날까지 신고할 수 있습니다.

예를 들어 2026년에 발생한 종합소득은 특별한 예외가 없다면 2027년 5월에 신고하게 됩니다.

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개인지방소득세도 별도로 신고한다

종합소득세는 국세입니다.

이와 별도로 개인지방소득세가 있으며, 2020년 이후 지방자치단체에 별도로 신고하는 구조입니다. 홈택스에서 종합소득세 신고를 마친 뒤 위택스로 연계하여 신고할 수 있습니다.

개인지방소득세도 종합소득 과세표준을 기준으로 누진세율을 적용하므로 최종 세부담을 검토할 때에는 국세만 보지 않는 것이 좋습니다.

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종합소득세 계산에서 과세관청이 중요하게 보는 부분

개인사업자의 경우 세율보다 소득금액이 제대로 계산됐는지가 더 중요한 쟁점이 되는 경우가 많습니다.

특히 다음 자료는 소득금액과 필요경비를 검증하는 데 중요합니다.

• 매출 신고자료
• 신용카드·현금영수증 매출
• 세금계산서 및 계산서
• 사업용 계좌내역
• 경비 관련 적격증빙
• 급여 및 원천징수 자료
• 차량·접대비 등 제한경비 자료
• 금융소득 자료
• 각종 공제 증빙
• 원천징수영수증

종합소득세 신고서에도 총수입금액과 필요경비 계산자료, 각종 공제 증빙 등이 요구될 수 있습니다. 특히 복식부기의무자는 법에서 정한 재무제표 등 관련 서류 제출의무를 주의해야 합니다.

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실무 체크리스트

• 이자·배당·사업·근로·연금·기타소득을 모두 확인했는가?

• 분리과세나 비과세 대상 소득을 구분했는가?

• 사업 매출과 사업소득금액을 혼동하지 않았는가?

• 필요경비 증빙을 확인했는가?

• 인적공제 등 소득공제 요건을 확인했는가?

• 과세표준에 맞는 누진세율을 적용했는가?

• 세액공제·감면을 누락하지 않았는가?

• 원천징수세액과 중간예납세액을 확인했는가?

• 종합소득세와 개인지방소득세를 각각 신고했는가?

• 법정 신고·납부기한을 확인했는가?

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자주 묻는 질문

Q1. 매출 1억원이면 1억원에 종합소득세율을 곱하나요?

아닙니다.

사업자는 매출에서 세법상 인정되는 필요경비를 차감하여 사업소득금액을 계산하고, 다른 종합소득과 합산한 뒤 소득공제까지 적용하여 과세표준을 계산합니다.

Q2. 과세표준과 종합소득금액은 같은 금액인가요?

일반적으로 다릅니다.

종합소득금액에서 인적공제·연금보험료공제 등 종합소득공제를 차감한 금액이 종합소득과세표준입니다.

Q3. 종합소득세율이 24%면 소득 전체의 24%를 세금으로 내나요?

아닙니다.

종합소득세는 초과누진세율이므로 과세표준 구간별로 서로 다른 세율이 적용됩니다. 24% 구간에 있더라도 하위 구간에는 6%, 15%가 먼저 적용됩니다.

Q4. 프리랜서가 3.3%를 냈으면 신고하지 않아도 되나요?

3.3% 원천징수만으로 종합소득세가 모두 확정되는 것은 아닙니다.

실제 종합소득세를 다시 계산하고 원천징수된 세액을 기납부세액으로 차감해야 합니다.

Q5. 회사에서 연말정산했는데 부업소득이 있으면 종합소득세 신고를 해야 하나요?

다른 종합과세 대상 소득이 있다면 신고가 필요할 수 있습니다.

근로소득과 사업소득 등 종합과세 대상 소득을 합산하여 다시 계산해야 하는 경우가 있으므로 부업의 소득 종류와 금액을 확인해야 합니다.

Q6. 종합소득세를 많이 원천징수당했으면 환급받을 수 있나요?

최종 결정되는 세액보다 기납부세액이 많다면 환급이 발생할 수 있습니다.

원천징수세액은 확정신고납부 시 기납부세액으로 차감됩니다.

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마무리

종합소득세 계산의 핵심은 세율 자체보다 계산 순서를 이해하는 것입니다.

가장 중요한 흐름은 다음과 같습니다.

각 소득별 소득금액 계산
→ 종합소득금액 합산
→ 소득공제
→ 과세표준
→ 6~45% 누진세율
→ 산출세액
→ 세액공제·감면
→ 가산세
→ 기납부세액 차감
→ 최종 납부 또는 환급세액

개인사업자는 특히 매출과 소득금액을 구분해야 하고, 직장인이나 프리랜서는 연말정산·원천징수된 세액이 최종세금과 다를 수 있다는 점을 확인할 필요가 있습니다.

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4. 참고자료 및 공식 출처

확인일: 2026년 9월 2일

1. 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법」 제14조 과세표준의 계산
   소득세법 제14조 원문
2. 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법」 제55조 세율
   소득세법 제55조 원문
3. 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법」 제70조 종합소득과세표준 확정신고
   소득세법 제70조 원문
4. 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법」 제76조 확정신고납부
   소득세법 제76조 원문
5. 국세청, 종합소득세 개요 및 세액계산 흐름도
   국세청 종합소득세 개요

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이 글은 2026년 9월 2일 현재 시행 중인 법령과 공개된 공식 자료를 바탕으로 작성한 일반적인 세무 정보입니다. 실제 종합소득세는 소득 종류, 필요경비, 공제·감면 요건, 분리과세 여부 및 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로 실제 신고 전에는 세무전문가 또는 관할 과세관청에 확인하시기 바랍니다.

 

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