종합소득세 계산 구조 총정리: 소득금액부터 최종 납부세액까지

 

사업소득이나 근로소득, 이자·배당소득 등이 있는 경우 매년 종합소득세를 계산하게 됩니다. 그러나 종합소득세는 단순히 연간 수입에 세율을 곱해서 계산하는 세금은 아닙니다.

실제 계산에서는 총수입금액에서 필요경비를 차감해 소득금액을 계산하고, 다시 소득공제를 적용해 과세표준을 산정한 뒤 누진세율을 적용​합니다. 여기에 세액공제·감면과 이미 납부한 원천징수세액 등을 반영해야 실제 납부할 세금이 결정됩니다.

특히 ‘종합소득금액’, ‘과세표준’, ‘산출세액’, ‘결정세액’, ‘납부세액’은 서로 다른 개념입니다. 이 흐름을 구분하지 않으면 종합소득세 계산을 정확하게 이해하기 어렵습니다.

이번 글에서는 2026년 8월 현행 세법을 기준으로 소득 발생부터 최종 종합소득세 납부세액이 계산되는 전체 구조를 순서대로 살펴보겠습니다.

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핵심 내용

• 종합소득세는 수입금액 자체가 아니라 각 소득별 ‘소득금액’을 합산​하여 계산합니다.
• 종합소득금액에서 인적공제 등 소득공제를 차감하면 종합소득 과세표준이 됩니다.
• 과세표준에는 2026년 현재 6%~45%의 8단계 누진세율이 적용됩니다.
• 산출세액에서 세액공제·감면을 차감한 뒤 가산세와 기납부세액 등을 반영하면 실제 납부세액이 결정됩니다.
• 종합소득세 신고는 원칙적으로 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지입니다.

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종합소득세 계산 구조 한눈에 보기

종합소득세는 기본적으로 다음 순서로 계산합니다.

① 수입금액

↓

② 필요경비 차감

↓

③ 각 소득별 소득금액

↓

④ 종합소득금액

↓

⑤ 소득공제 차감

↓

⑥ 종합소득 과세표준

↓

⑦ 세율 적용

↓

⑧ 종합소득 산출세액

↓

⑨ 세액공제·세액감면 차감

↓

⑩ 가산세 등 반영

↓

⑪ 기납부세액 차감

↓

⑫ 최종 납부세액 또는 환급세액

전체 구조에서 가장 중요한 것은 수입금액 → 소득금액 → 과세표준 → 산출세액 → 납부세액을 서로 구분하는 것입니다.

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1. 먼저 종합소득에 포함되는 소득을 계산한다

「소득세법」 제14조에서는 종합소득금액을 다음 소득금액의 합계로 규정하고 있습니다.

• 이자소득
• 배당소득
• 사업소득
• 근로소득
• 연금소득
• 기타소득

즉 양도소득이나 퇴직소득은 일반적인 종합소득세 계산에 합산하지 않고 별도의 과세체계로 계산합니다.

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2. 수입금액과 소득금액은 다르다

개인사업자의 종합소득세에서 가장 먼저 구분해야 하는 개념입니다.

예를 들어 음식점을 운영하면서 1년간 매출이 1억원 발생했다고 해서 1억원 전체에 종합소득세가 부과되는 것은 아닙니다.

사업소득은 기본적으로 다음과 같이 계산합니다.

사업소득금액 = 총수입금액 - 필요경비

「소득세법」 제19조도 사업소득금액을 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제하여 계산하도록 규정하고 있습니다.

예를 들어

매출 1억원
필요경비 6,000만원

이라면

사업소득금액 = 4,000만원

입니다.

따라서 종합소득세 계산의 출발점은 매출액 자체가 아니라 비용을 차감한 소득금액입니다.

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3. 여러 종류의 소득이 있다면 합산한다

직장인이면서 부업으로 사업을 하고 있는 경우를 생각해 볼 수 있습니다.

예를 들어 다음과 같은 소득금액이 있다고 가정하겠습니다.

근로소득금액 4,000만원
사업소득금액 2,000만원
기타소득금액 500만원

이 경우 기본적인 종합소득금액은

4,000만원 + 2,000만원 + 500만원
= 6,500만원

이 됩니다.

다만 모든 소득이 반드시 종합과세되는 것은 아닙니다.

대표적으로 일반적인 이자·배당소득은 연간 합계가 2,000만원 이하이면서 원천징수된 경우 원칙적으로 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다. 금융소득이 기준금액을 초과하는 경우에는 금융소득 종합과세 규정을 별도로 검토해야 합니다.

주택임대소득이나 기타소득 역시 일정 요건에서는 분리과세 규정이 존재하므로 소득 종류별 과세방법을 먼저 확인해야 합니다.

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4. 종합소득금액에서 소득공제를 차감한다

소득금액을 모두 합산했다고 바로 세율을 적용하지는 않습니다.

「소득세법」 제14조에서는 종합소득금액에서 인적공제, 연금보험료공제 등 법에서 정한 종합소득공제를 차감하여 종합소득과세표준을 계산하도록 하고 있습니다.

기본 구조는 다음과 같습니다.

종합소득과세표준
= 종합소득금액 - 종합소득공제

대표적인 공제에는 기본공제, 추가공제, 연금보험료공제 등이 있습니다.

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기본공제는 1명당 150만원

「소득세법」 제50조에 따른 기본공제는 본인 및 일정 요건을 충족한 배우자·부양가족에 대해 1명당 연 150만원입니다.

예를 들어 기본공제 대상자가 본인과 배우자 2명이라면

150만원 × 2명 = 300만원

을 종합소득금액에서 차감할 수 있습니다.

다만 배우자나 부양가족은 소득요건과 나이요건 등을 충족해야 하므로 가족이라는 사실만으로 자동 적용되는 것은 아닙니다.

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5. 소득공제를 차감하면 과세표준이 된다

예를 들어 종합소득금액이 6,500만원이고 적용 가능한 각종 소득공제가 1,000만원이라면

6,500만원 - 1,000만원
= 5,500만원

이 종합소득 과세표준이 됩니다.

즉 세율은 6,500만원이 아니라 5,500만원에 적용​합니다.

종합소득금액과 과세표준을 구분해야 하는 이유가 바로 여기에 있습니다.

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6. 2026년 종합소득세율 적용

2026년 현재 종합소득세는 6%부터 45%까지 8단계 초과누진세율을 적용합니다.

과세표준세율누진공제

1,400만원 이하	6%	-
1,400만원 초과~5,000만원	15%	126만원
5,000만원 초과~8,800만원	24%	576만원
8,800만원 초과~1억5천만원	35%	1,544만원
1억5천만원 초과~3억원	38%	1,994만원
3억원 초과~5억원	40%	2,594만원
5억원 초과~10억원	42%	3,594만원
10억원 초과	45%	6,594만원

실무에서는 다음과 같이 계산할 수 있습니다.

산출세액 = 과세표준 × 해당 세율 - 누진공제액

예를 들어 과세표준이 5,500만원이라면

5,500만원 × 24% - 576만원

= 744만원

이 종합소득 산출세액이 됩니다.

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최고세율 구간이라고 소득 전체에 45%가 붙는 것은 아니다

종합소득세는 초과누진세율 구조입니다.

예를 들어 과세표준이 1억5천만원을 조금 넘었다고 해서 1억5천만원 전체에 38%를 적용하는 것은 아닙니다.

각 과세표준 구간별로 낮은 부분에는 낮은 세율이 먼저 적용되고 초과하는 부분에 높은 세율이 적용됩니다.

따라서 흔히 말하는 ‘종합소득세율 35%’ 또는 ‘45% 구간’은 소득 전체의 실효세율이 35% 또는 45%라는 뜻이 아닙니다.

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7. 산출세액에서 세액공제·감면을 차감한다

과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액이 산출세액입니다.

그러나 이것이 최종 납부할 세금은 아닙니다.

산출세액에서 납세자가 적용받을 수 있는 세액감면과 세액공제를 차감합니다.

대표적으로 다음과 같은 세액공제가 있습니다.

• 자녀세액공제
• 연금계좌세액공제
• 특별세액공제
• 기장세액공제
• 각종 조세특례제한법상 세액공제

2026년 현행 소득세법에서는 기본공제 대상인 13세 이상 자녀·손자녀에 대해 자녀세액공제를 적용하며, 1명은 25만원, 2명은 55만원, 3명 이상은 55만원에 2명을 초과하는 인원당 40만원을 추가하도록 규정하고 있습니다.

연금저축·퇴직연금 등 연금계좌 납입액에 대해서도 법에서 정한 한도와 공제율에 따라 세액공제가 가능합니다.

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소득공제와 세액공제는 무엇이 다른가

두 제도는 이름이 비슷하지만 적용 단계가 다릅니다.

구분소득공제세액공제

차감 대상	종합소득금액	산출세액
효과	과세표준 감소	세금 직접 감소
대표 사례	인적공제, 연금보험료공제	자녀, 연금계좌 세액공제

예를 들어 100만원의 소득공제가 있다고 해서 세금이 100만원 줄어드는 것은 아닙니다.

반면 세액공제 100만원은 원칙적으로 계산된 세액에서 100만원을 직접 차감하는 구조입니다.

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8. 가산세가 있다면 추가한다

신고 과정에서 무신고·과소신고·납부지연 등 세법에서 정한 사유가 발생하면 가산세가 추가될 수 있습니다.

따라서 실제 신고서의 세금은 단순히

산출세액 - 세액공제

로 끝나지 않고 가산세 등의 추가세액까지 반영하여 최종적으로 계산합니다.

신고기한을 지키고 총수입금액과 필요경비, 소득공제 자료를 정확하게 신고하는 것이 중요한 이유입니다.

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9. 이미 낸 세금을 마지막에 차감한다

납세자는 5월 종합소득세 신고 전에 이미 일정 금액의 세금을 납부한 경우가 많습니다.

대표적으로

• 사업소득 원천징수세액
• 근로소득 원천징수세액
• 중간예납세액
• 기타 원천징수세액

등이 있습니다.

「소득세법」 제76조에서는 확정신고 시 중간예납세액, 원천징수세액 등 이미 납부한 세액을 차감하여 납부하도록 규정하고 있습니다.

따라서 최종 구조는 다음과 같이 볼 수 있습니다.

**최종 납부세액
= 산출세액

• 세액감면
• 세액공제

• 가산세 등

• 기납부세액**

결과가 양수이면 추가로 납부하고, 일정 요건에서 기납부세액이 더 많다면 환급이 발생할 수 있습니다.

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실제 사례로 전체 계산해 보기

A씨의 2026년 자료를 단순화하여 다음과 같이 가정하겠습니다.

• 종합소득금액: 6,000만원
• 각종 소득공제: 1,000만원
• 세액공제: 100만원
• 기납부세액: 150만원
• 가산세 없음

① 과세표준

6,000만원 - 1,000만원

= 5,000만원

② 산출세액

5,000만원 × 15% - 126만원

= 624만원

③ 세액공제 적용

624만원 - 100만원

= 524만원

④ 기납부세액 차감

524만원 - 150만원

= 374만원

따라서 단순화한 사례에서 최종 종합소득세 납부세액은 374만원입니다.

처음의 종합소득금액 6,000만원에 세율을 바로 곱하지 않는다는 점을 확인할 수 있습니다.

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개인지방소득세는 별도로 계산한다

종합소득세 신고 시 국세인 소득세뿐 아니라 개인지방소득세도 함께 확인해야 합니다.

2026년 현행 지방세법상 개인지방소득세도 종합소득 과세표준을 기준으로 0.6%부터 4.5%까지의 누진 표준세율을 적용합니다. 이는 일반적으로 국세 소득세율의 10분의 1 수준입니다.

따라서 실제 개인이 부담하는 세금 전체를 판단할 때에는 종합소득세뿐 아니라 개인지방소득세까지 고려해야 합니다.

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종합소득세 신고기한

「소득세법」 제70조에 따르면 종합소득금액이 있는 거주자는 원칙적으로 해당 과세기간 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득 과세표준을 신고해야 합니다.

예를 들어 2026년에 발생한 종합소득은 원칙적으로

2027년 5월 1일~5월 31일

에 신고하게 됩니다.

성실신고확인대상 사업자 등은 별도의 신고기한 규정이 적용될 수 있으므로 사업자 유형을 확인할 필요가 있습니다.

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실무적으로 확인해야 할 자료

종합소득세 신고 전에는 다음 자료를 확인하는 것이 바람직합니다.

• 사업장별 매출 및 총수입금액
• 매입 및 필요경비 증빙
• 사업용 계좌 내역
• 원천징수영수증
• 근로소득 지급명세
• 이자·배당소득 자료
• 연금 및 기타소득 자료
• 인적공제 대상 가족의 소득자료
• 국민연금 등 소득공제 자료
• 연금저축·IRP 납입자료
• 각종 세액공제 증빙
• 중간예납세액
• 원천징수된 기납부세액
• 전년도 결손금 및 이월자료

특히 개인사업자는 매출이 아니라 사업소득금액을 정확하게 계산하기 위한 필요경비 자료를 관리하는 것이 중요합니다.

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자주 묻는 질문

Q1. 종합소득이 5,000만원이면 5,000만원에 15%를 곱하나요?

단순히 15%를 곱하는 것이 아닙니다. 종합소득금액에서 소득공제를 차감하여 과세표준을 계산한 후 누진세율을 적용합니다. 5,000만원의 과세표준이라면 누진공제액을 반영하여 산출세액을 계산합니다.

Q2. 매출 1억원이면 1억원에 종합소득세율을 적용하나요?

아닙니다. 사업자는 기본적으로 총수입금액에서 필요경비를 차감하여 사업소득금액을 계산합니다.

Q3. 종합소득세율이 45%이면 소득의 절반 가까이를 세금으로 내나요?

그렇지 않습니다. 45%는 10억원을 초과하는 종합소득 과세표준 부분에 적용되는 최고 한계세율입니다. 하위 구간에는 각각 낮은 세율이 적용됩니다.

Q4. 프리랜서로 3.3%를 원천징수했으면 종합소득세를 또 내나요?

3.3% 원천징수는 일반적으로 최종 세금 확정 전 미리 납부한 세금의 성격을 갖습니다. 종합소득세 신고에서 실제 세액을 다시 계산한 뒤 원천징수세액을 기납부세액으로 차감하므로 추가 납부 또는 환급이 발생할 수 있습니다.

Q5. 종합소득세와 개인지방소득세는 같은 세금인가요?

아닙니다. 종합소득세는 국세이고 개인지방소득세는 지방세입니다. 종합소득 신고 과정에서 두 세금을 각각 확인해야 합니다.

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마무리

종합소득세 계산은 단순히 1년 동안 번 금액에 세율을 곱하는 방식이 아닙니다.

먼저 각 소득별로 소득금액을 계산한 뒤 이를 합산하고, 소득공제를 차감하여 과세표준을 산출한 후 6~45%의 누진세율을 적용​합니다.

그 이후에도 세액공제·감면과 가산세, 중간예납 및 원천징수 등 기납부세액을 반영해야 실제 납부세액이 확정됩니다.

따라서 종합소득세를 이해할 때에는 다음 한 줄의 흐름을 기억하는 것이 가장 중요합니다.

종합소득금액 → 소득공제 → 과세표준 → 세율 → 산출세액 → 세액공제·감면 → 기납부세액 → 최종 납부세액

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관련 법령 및 참고 근거

• 「소득세법」 제14조: 종합소득금액 및 종합소득과세표준 계산
• 「소득세법」 제19조: 사업소득 및 사업소득금액 계산
• 「소득세법」 제50조: 기본공제, 1명당 연 150만원
• 「소득세법」 제55조: 종합소득세율 6%~45%
• 「소득세법」 제59조의2: 자녀세액공제
• 「소득세법」 제59조의3: 연금계좌세액공제
• 「소득세법」 제70조: 종합소득과세표준 확정신고
• 「소득세법」 제76조: 확정신고납부 및 기납부세액 공제
• 「지방세법」 제92조: 종합소득에 대한 개인지방소득세율

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핵심 내용 3줄 요약

1. 종합소득세는 총수입에 바로 세율을 적용하는 것이 아니라 소득금액을 합산한 후 소득공제를 차감하여 과세표준을 계산합니다.
2. 2026년 종합소득세율은 6%~45%의 8단계 누진세율이며, 산출세액에서 세액공제·감면을 차감합니다.
3. 마지막으로 원천징수세액·중간예납세액 등 이미 납부한 세금을 차감해야 실제 추가 납부세액 또는 환급세액이 결정됩니다.