법인이 대표이사나 주주, 계열회사 등과 거래하는 것 자체가 세법상 금지되는 것은 아닙니다. 실제 기업경영에서는 관계회사 간 자금대여, 부동산 임대, 자산 매매, 용역 제공 등 다양한 특수관계인 거래가 발생합니다.

다만 일반적인 제3자라면 하지 않았을 조건으로 거래하여 특정 관계인에게 이익을 이전하고 그 결과 법인의 세금 부담이 감소한다면 문제가 달라집니다.

세법에서는 이러한 경우 실제 계약내용을 그대로 인정하지 않고 정상적인 시가를 기준으로 법인의 과세소득을 다시 계산할 수 있도록 하는 부당행위계산부인 제도를 두고 있습니다.

이번 글에서는 2026년 8월 현행 법인세법을 기준으로 특수관계인의 범위, 부당행위계산부인의 적용요건, 시가 산정방법과 실제 적용 사례를 정리합니다.

핵심 내용

특수관계인과 거래했다는 사실만으로 부당행위계산부인이 적용되는 것은 아닙니다.
특수관계인 거래로 인해 법인의 조세부담이 부당하게 감소했는지가 핵심입니다.
자산의 저가양도·고가매입, 무상·저리 자금대여, 저가 임대 등이 대표적인 적용 유형입니다.
일정 거래는 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 부당행위계산부인이 적용됩니다.
세무검토에서는 계약가격보다 먼저 정상적인 시가를 어떻게 입증할 것인지를 검토해야 합니다.

부당행위계산부인이란 무엇인가

「법인세법」 제52조에서는 내국법인의 행위 또는 소득금액 계산이 특수관계인과의 거래로 인해 해당 법인의 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 실제 거래내용과 관계없이 각 사업연도의 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 규정하고 있습니다.

여기서 중요한 기준이 시가입니다.

법인세법에서 말하는 시가란 건전한 사회통념과 상거래 관행 및 특수관계인이 아닌 제3자 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미합니다. 가격뿐 아니라 이자율, 임대료, 요율 등도 포함됩니다.

즉 회사가 실제로 5억원에 거래했더라도 정상적인 시가가 10억원이라고 판단되고 다른 요건까지 충족한다면 세법에서는 10억원을 기준으로 소득을 재계산할 수 있습니다.

특수관계인은 누구를 말할까

「법인세법」 제2조는 특수관계인을 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등에 있는 자로 규정하고 있으며, 구체적인 범위는 시행령 제2조 제8항에서 정하고 있습니다.

대표적으로 다음과 같은 관계가 포함될 수 있습니다.

법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 자와 그 친족
일정한 주주·출자자와 그 친족
법인의 임원과 직원
일정한 주주·출자자의 직원 또는 임원
법인이 지배적인 영향력을 행사하는 다른 법인
일정한 지분관계로 연결된 법인 또는 개인
동일 기업집단에 소속된 계열회사 및 일정한 임원

따라서 대표이사와 법인 사이의 거래만 특수관계인 거래가 되는 것은 아닙니다.

모회사와 자회사, 계열회사 간 거래, 일정한 주주 및 친족과의 거래까지 포함될 수 있으므로 지분구조와 실질적인 경영지배관계를 함께 확인해야 합니다.

부당행위계산부인의 대표적인 유형

「법인세법 시행령」 제88조에서는 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는 대표적인 거래유형을 규정하고 있습니다.

실무에서 자주 문제가 되는 유형은 다음과 같습니다.

거래 유형대표 사례

고가매입	특수관계인의 자산을 시가보다 비싸게 매입
저가양도	회사 자산을 특수관계인에게 시가보다 싸게 양도
무상대여	대표이사에게 회사자금을 무이자로 대여
저리대여	정상 이자율보다 낮은 금리로 자금대여
저가임대	회사 부동산을 특수관계인에게 싸게 임대
고가임차	특수관계인의 자산을 시가보다 비싸게 임차
무상용역	받아야 할 용역대가를 받지 않는 경우
자본거래	불공정 합병·증자·감자 등으로 특정 주주에게 이익 이전

중요한 것은 거래의 명칭이 아니라 실제 경제적 효과입니다.

계약서상 정상적인 거래처럼 작성되어 있더라도 실질적으로 회사의 이익을 특수관계인에게 이전했다면 부당행위계산부인 여부를 검토할 수 있습니다.

1. 특수관계인에게 자산을 싸게 판 경우

사례

A법인이 시가 10억원인 부동산을 대표이사에게 6억원에 양도했다고 가정하겠습니다.

시가와 실제 거래가격의 차이는

10억원 - 6억원 = 4억원

입니다.

법인이 특수관계인에게 자산을 시가보다 낮은 가격으로 양도하는 행위는 시행령 제88조의 대표적인 부당행위 유형입니다.

요건을 충족한다면 세법에서는 실제 양도가액 6억원이 아니라 정상적인 시가 10억원을 기준으로 법인의 소득을 다시 계산할 수 있습니다.

즉 회사 입장에서는 4억원의 익금이 추가로 발생하는 효과가 나타날 수 있으며, 대표이사에게 귀속된 경제적 이익에 대해서는 소득처분까지 추가로 검토해야 합니다.

2. 특수관계인의 자산을 비싸게 매입한 경우

반대 상황도 마찬가지입니다.

A법인이 대표이사가 보유한 토지를 정상적인 시가 5억원보다 높은 8억원에 취득했다고 가정하겠습니다.

차액은 3억원입니다.

세법에서는 특수관계인의 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 것도 부당행위계산 유형으로 규정하고 있습니다.

따라서 정상적인 거래조건과 비교해 경제적 합리성이 없다면 시가를 초과하여 지급한 금액에 대해 세무조정과 소득처분 문제가 발생할 수 있습니다.

대법원도 대표이사 소유 토지를 법인이 비정상적으로 높은 가격으로 매입한 사안에서 거래 당시 경제적 합리성을 기준으로 부당행위계산부인 여부를 판단한 사례가 있습니다.

3. 대표이사에게 회사 돈을 무이자로 빌려준 경우

특수관계인에게 금전을 무상 또는 정상적인 시가보다 낮은 금리로 대여하는 것도 대표적인 적용 사례입니다.

이 경우 시가가 되는 이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율입니다.

다만 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는 경우나 법인이 법령에 따라 당좌대출이자율을 선택하는 경우 등에는 당좌대출이자율을 적용합니다. 2026년 현행 당좌대출이자율은 **연 4.6%**입니다.

예를 들어 당좌대출이자율을 적용하는 법인이 대표이사에게 1억원을 1년 동안 무이자로 대여했다면,

1억원 × 4.6% = 460만원

의 정상적인 이자가 발생한 것으로 볼 수 있습니다.

실제로 이자를 받지 않았다면 일정 요건을 충족하는 경우 해당 인정이자를 익금에 산입하는 세무조정이 발생할 수 있습니다.

3억원 또는 5% 기준도 확인해야 한다

특수관계인 거래라고 해서 아주 작은 가격 차이까지 전부 부당행위계산부인의 대상이 되는 것은 아닙니다.

현행 「법인세법 시행령」 제88조 제3항은 고가매입, 저가양도, 무상·저가 자산 및 용역 제공, 고가 차용 등 일정 거래에 대해서 다음 기준을 두고 있습니다.

시가와 거래가액의 차액이

① 3억원 이상이거나

또는

② 시가의 5% 이상인 경우

부당행위계산부인을 적용합니다.

두 조건은 ‘그리고’가 아니라 ‘또는’입니다.

예를 들어 시가 10억원짜리 자산을 특수관계인에게 9억 7,000만원에 매각하였다면 차액은 3,000만원으로 3억원에는 미달하지만 시가의 3%이므로 위 기준만 놓고 보면 해당 문턱에 미달합니다.

반대로 시가 10억원짜리 자산을 9억원에 매각하면 차액은 1억원으로 3억원 미만이지만 시가의 10%이므로 5% 기준을 충족합니다.

다만 모든 부당행위 유형에 이 기준이 적용되는 것은 아니므로 거래유형별 확인이 필요합니다.

시가는 어떻게 결정할까

부당행위계산부인에서 실무적으로 가장 어려운 부분은 특수관계인 여부보다 시가 산정인 경우가 많습니다.

현행 시행령 제89조는 동일하거나 유사한 상황에서 해당 법인이 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계 없는 제3자 사이의 일반적인 거래가격이 있다면 이를 우선적인 시가로 봅니다.

이러한 가격을 확인하기 어렵다면 일정한 순서에 따라 평가합니다.

시가 판단의 기본 흐름

① 제3자 간 정상적인 거래가격

↓

② 감정평가법인 등의 감정가액

↓

③ 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법

시가가 불분명한 경우 감정평가액을 우선 적용하고, 이후 상속세 및 증여세법상 평가방법 등을 적용합니다. 다만 주식 등 일부 자산은 감정가액 적용에서 제외되는 등 별도의 규정이 존재합니다.

따라서 특수관계인과 부동산이나 비상장주식을 거래하기 전에는 계약금액을 먼저 결정하기보다 세법상 인정 가능한 시가 산정근거를 확보하는 것이 중요합니다.

시가와 다르면 무조건 부당행위계산부인일까

반드시 그런 것은 아닙니다.

대법원은 부당행위계산부인 제도가 단순히 특수관계인과 시가와 다른 가격으로 거래했다는 이유만으로 기계적으로 적용되는 것은 아니라고 보고 있습니다.

거래 당시의 여러 사정을 고려하여 건전한 사회통념이나 상거래 관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래인지를 판단해야 한다는 입장입니다.

대법원 2018.7.20. 선고 2015두39842 판결에서도 비특수관계인 간 거래가격과 거래 당시의 특별한 사정 등을 종합적으로 고려해야 하며, 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 판시했습니다.

또한 계열회사를 지원한 거래라 하더라도 회사의 손실을 줄이고 계속기업으로 존속시키는 등 합리적인 경제적 이유가 인정된 사안에서는 부당행위계산부인의 대상이 아니라고 판단한 사례도 있습니다.

따라서 가격 차이가 있다는 사실과 경제적 합리성이 없다는 판단은 구분할 필요가 있습니다.

무상으로 상표나 용역을 제공한 경우도 주의해야 한다

부당행위계산부인은 자산매매나 자금대여에만 적용되는 제도가 아닙니다.

특수관계인에게 상표권, 부동산, 기술, 인력이나 각종 용역을 무상으로 제공하거나 정상적인 가격보다 낮은 대가를 받는 경우에도 검토가 필요합니다.

대법원 2023.5.18. 선고 2018두33005 판결에서는 상표권자가 자회사에 상표를 사용하게 하면서 사용료를 받지 않은 거래와 관련하여 경제적 합리성 여부를 구체적으로 판단했습니다.

그룹 내 거래에서 “원래 계열회사끼리는 돈을 받지 않는다”는 내부관행만으로 세법상 정상가격을 입증하기는 어려울 수 있습니다.

부당행위계산부인이 적용되면 어떻게 세무조정할까

부당행위계산부인이 적용되면 실제 회계처리를 취소하는 것이 아니라 법인세 계산 과정에서 정상적인 시가를 기준으로 과세소득을 조정합니다.

예를 들어 시가 10억원의 자산을 대표이사에게 6억원에 매각하여 4억원의 이익을 이전했다면 법인의 과세소득에 해당 차액을 추가하는 세무조정이 발생할 수 있습니다.

그리고 그 경제적 이익이 누구에게 귀속되었는지에 따라

대표자 또는 임직원: 상여
주주: 배당
다른 법인: 기타사외유출 등

별도의 소득처분 문제가 발생할 수 있습니다.

따라서 부당행위계산부인은 단순히 법인세만 늘어나는 문제가 아니라 귀속자 개인의 소득세나 다른 법인의 세무처리까지 연결될 수 있는 규정입니다.

실무적으로 확인해야 할 자료

특수관계인 거래를 검토할 때에는 다음 자료를 확보하는 것이 바람직합니다.

주주명부 및 지분구조
법인등기부등본
계열회사 관계도
특수관계인 거래명세
자산 매매·임대차계약서
금전소비대차계약서
이사회 및 주주총회 의사록
외부 제3자와의 유사 거래내역
감정평가서
비상장주식 평가자료
금리 및 임대료 산정근거
거래조건을 결정한 내부 품의자료
거래의 경제적 필요성을 입증하는 자료

특히 시가와 차이가 있는 조건으로 거래할 합리적인 이유가 있다면 그 이유를 거래 당시 작성된 자료로 남겨두는 것이 중요합니다.

세무검토 순서

특수관계인 거래는 다음 순서로 검토하면 오류를 줄일 수 있습니다.

① 거래 상대방이 특수관계인인지 확인

→ ② 시행령 제88조의 부당행위 유형인지 확인

→ ③ 정상적인 시가 산정

→ ④ 실제 거래가액과 시가 비교

→ ⑤ 3억원 또는 5% 기준 적용 여부 확인

→ ⑥ 거래의 경제적 합리성과 특별한 사정 검토

→ ⑦ 부당행위계산부인 금액 계산

→ ⑧ 익금산입·손금불산입 등 세무조정

→ ⑨ 상여·배당 등 소득처분 검토

이 순서로 접근하면 단순히 “특수관계인 거래니까 세금 문제가 있다”는 식의 판단을 피할 수 있습니다.

주의할 점

특수관계인 거래는 계약서만 정상적으로 작성했다고 해결되는 문제가 아닙니다.

과세관청은 거래의 명칭보다 실제 거래가격, 자금 흐름, 제3자 거래조건, 거래의 필요성과 경제적 효과 등을 종합적으로 확인할 수 있습니다.

또한 해외 특수관계인과의 국제거래는 국내 부당행위계산부인 규정뿐 아니라 「국제조세조정에 관한 법률」상 정상가격 과세조정 규정을 별도로 검토해야 할 수 있으므로 국내 관계회사 거래와 동일하게 접근해서는 안 됩니다.

자주 묻는 질문

Q1. 대표이사와 회사가 거래하면 무조건 부당행위계산부인이 적용되나요?

그렇지 않습니다. 특수관계인과의 거래라는 사실 외에 조세부담이 부당하게 감소했는지, 시가와 거래조건에 차이가 있는지, 경제적 합리성이 있는지를 종합적으로 검토해야 합니다.

Q2. 계열회사끼리 시가보다 싸게 거래해도 문제가 되나요?

문제가 될 수 있습니다. 계열회사도 법인세법상 특수관계인에 해당할 수 있으며 정상적인 시가보다 낮은 가격으로 자산이나 용역을 제공하여 이익을 이전했다면 부당행위계산부인을 검토해야 합니다.

Q3. 시가와 차이가 조금이라도 있으면 적용되나요?

일정한 고가매입·저가양도·저리대여 등의 거래에는 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이라는 기준이 존재합니다. 다만 모든 부당행위 유형에 동일한 기준이 적용되는 것은 아닙니다.

Q4. 대표이사에게 무이자로 돈을 빌려주면 어떻게 되나요?

특수관계인에 대한 무상 금전대여에 해당할 수 있으며 정상적인 이자율을 기준으로 인정이자를 계산해야 할 수 있습니다. 적용이자율은 원칙적으로 가중평균차입이자율이며 일정 요건에서는 당좌대출이자율을 적용합니다.

Q5. 감정평가액이 있으면 무조건 그 가격이 시가인가요?

항상 그런 것은 아닙니다. 우선적으로 정상적인 제3자 거래가격이 있는지 검토하며, 시가가 불분명한 경우 법인세법 시행령에서 정한 순서에 따라 감정가액 등을 적용합니다.

마무리

특수관계인 거래의 세무처리는 거래 상대방이 대표자나 계열회사라는 사실만으로 결정되지 않습니다.

특수관계인 여부, 거래유형, 시가, 가격차이, 경제적 합리성을 순차적으로 검토하여 조세부담을 부당하게 감소시킨 거래인지 판단하는 것이 핵심입니다.

특히 부동산·비상장주식 매매, 관계회사 간 자금대여, 임대차, 상표권 및 용역 제공처럼 시가 산정이 어려운 거래는 계약 체결 이후가 아니라 거래 전에 객관적인 가격 산정근거를 확보하는 것이 바람직합니다.

핵심 내용 3줄 요약

특수관계인과 거래했다는 이유만으로 부당행위계산부인이 적용되는 것은 아니며, 거래로 법인의 조세부담이 부당하게 감소했는지를 판단해야 합니다.
저가양도·고가매입·무상 또는 저리대여 등이 대표적인 유형이며 일부 거래에는 시가 차이 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상 기준이 적용됩니다.
특수관계인 거래는 계약가격보다 시가 산정근거와 거래의 경제적 합리성을 사전에 확보하는 것이 세무상 가장 중요한 관리사항입니다.

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특수관계인 거래와 부당행위계산부인 적용 기준